Schon vor 5000 Jahren lebten Menschen im Linderner Raum. Davon zeugen heute noch mehrere Großsteingräber in der Gemeinde. Zum ersten Mal wird Lindern schriftlich in einer Schenkungsurkunde an das Kloster Corvey aus der Zeit um 891-1037 erwähnt. Dort wurde der Ort noch Lindduri genannt. Weitere urkundliche Nennungen sind in das 11. Jahrhundert zu datieren.
Um 1288 wurde in Lindern ein Kirchspiel errichtet. Dies wird als Gründung der Gemeinde Lindern gesehen. Im Hochmittelalter sind die Ortschaften Teil der Grafschaft Tecklenburg. Zwischenzeitlich sind die Ortschaften dem Bistum Münster lehnspflichtig. Ab dem 16. Jahrhundert gehören die Ortschaften zu den Grafen von Oldenburg.
Im Jahr 1933 wurde die Gemeinde Lindern im Zuge der Verwaltungsreform der Nachbargemeinde Lastrup zugeschlagen. Erst 1948 wurde Lindern wieder selbständig. 1973 sollte die Gemeinde Lindern, wie 1933, im Rahmen einer Gebiets- und Verwaltungsreform aufgelöst und zur Nachbargemeinde Lastrup zugeschlagen werden. Durch starke Proteste der Bevölkerung Linderns konnte die Selbständigkeit von Lindern jedoch gewahrt werden.
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